Die MediaWiki-Erweiterung Molecules-Extension für MediaWiki erlaubt das Management chemischer Moleküle und Reaktionen.

Was kann die Extension?

Mit der Molecules-Extension können Sie Ihre MediaWiki-Installation um die Möglichkeit erweitern, chemische Moleküle und Reaktionen innerhalb per Point-und-Click Interface einzugeben und sie in beliebigen Wikiseiten anzuzeigen.

Die Erweiterung benutzt den weitverbreiteten Molekül-Editor Ketcher 2.0 und bietet eine Reihe von Funktionen:

• Editieren von Molekülen und Reaktionen integriert in den VisualEditor vom MediaWiki
• Unterstützung verschiedener Formate, z.B. Molfile/Rxnfile und SMILES
• Auto-Layout und manuelles Layout wird unterstützt
• Unterstützung verschiedener Bindungstypen
• automatische Berechnung von Metadaten, z.B. International Chemical Identifier (InChI und InchiKey)
• Darstellung von Molekülen und Reaktionen eingebettet in Wiki-Seiten
• automatische Erzeugung von eigenständigen Wiki-Seiten für jedes Molekül

Download

Aktuell können Sie die Extensin nur von DIQA beziehen. Bitte kontaktieren Sie uns via Kontaktformular am Ende dieser Seite.

Installation

• Legen Sie im Extension-Verzeichnis ein Unterverzeichnis "Molecules" an und kopieren Sie den Code hinein.
• Fügen Sie die folgenden Zeilen in LocalSettings.php ein.

define('NS_MOLECULE', 3300);
define('NS_MOLECULE_TALK', 3301);
$wgExtraNamespaces[NS_MOLECULE] = 'Molecule';
$wgExtraNamespaces[NS_MOLECULE_TALK] = 'Molecule_talk';
define('NS_REACTION', 3302);
define('NS_REACTION_TALK', 3303);
$wgExtraNamespaces[NS_REACTION] = 'Reaction';
$wgExtraNamespaces[NS_REACTION_TALK] = 'Reaction_talk';
wfLoadExtension('ChemExtension');

• Falls Sie Semantic MediaWiki installiert haben und nutzen wollen, fügen Sie auch noch die folgenden Zeilen ein:

$smwgNamespacesWithSemanticLinks[NS_MOLECULE] = true;
$smwgNamespacesWithSemanticLinks[NS_REACTION] = true;
$smwgNamespacesWithSemanticLinks[NS_TEMPLATE] = true;

Überprüfen der erfolgreichen Installation

Besuchen sie die Spezial:Version oder Special:Version Ihres Wikis und finden Sie die Molecules-Extension in der Liste "weiteren Extensions" mit entsprechender Versionsnummer.

Screenshots

Editor-Ansicht

Ansicht des gerenderten Moleküls auf einer Wikiseite

Kompatibilität

• MediaWiki: mind. Version 1.35.x
• PHP: mind. v7.4.x
• VisualEditor: mind. v0.1.2
• Semantic MediaWiki: mind. v3.2.x
• Molfile v2000 und v3000

Weitere Links

• KETCHER2: https://lifescience.opensource.epam.com/ketcher/#ketcher-2-0
• SMILES: https://daylight.com/smiles/
• VisualEditor: https://www.mediawiki.org/wiki/Extension:VisualEditor
• Semantic MediaWiki: https://www.semantic-mediawiki.org/

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