Molecules: Unterschied zwischen den Versionen
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$smwgNamespacesWithSemanticLinks[NS_MOLECULE] = true; | $smwgNamespacesWithSemanticLinks[NS_MOLECULE] = true; | ||
$smwgNamespacesWithSemanticLinks[NS_REACTION] = true; | $smwgNamespacesWithSemanticLinks[NS_REACTION] = true; | ||
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* SMILES: https://daylight.com/smiles/ | * SMILES: https://daylight.com/smiles/ | ||
* VisualEditor: https://www.mediawiki.org/wiki/Extension:VisualEditor | * VisualEditor: https://www.mediawiki.org/wiki/Extension:VisualEditor | ||
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Version vom 2. September 2022, 10:15 Uhr
Molecules-Extension für MediaWiki
Die MediaWiki-Erweiterung Molecules-Extension für MediaWiki erlaubt das Management chemischer Moleküle und Reaktionen.
Was kann die Extension?
Mit der Molecules-Extension können Sie Ihre MediaWiki-Installation um die Möglichkeit erweitern, chemische Moleküle und Reaktionen innerhalb per Point-und-Click Interface einzugeben und sie in beliebigen Wikiseiten anzuzeigen.
Die Erweiterung benutzt den weitverbreiteten Molekül-Editor Ketcher 2.0 und bietet eine Reihe von Funktionen:
- Editieren von Molekülen und Reaktionen integriert in den VisualEditor vom MediaWiki
- Unterstützung verschiedener Formate, z.B. Molfile/Rxnfile und SMILES
- Auto-Layout und manuelles Layout wird unterstützt
- Unterstützung verschiedener Bindungstypen
- automatische Berechnung von Metadaten, z.B. International Chemical Identifier (InChI und InchiKey)
- Darstellung von Molekülen und Reaktionen eingebettet in Wiki-Seiten
- automatische Erzeugung von eigenständigen Wiki-Seiten für jedes Molekül
Download
Aktuell können Sie die Extensin nur von DIQA beziehen. Bitte kontaktieren Sie uns via Kontaktformular am Ende dieser Seite.
Installation
- Legen Sie im Extension-Verzeichnis ein Unterverzeichnis "Molecules" an und kopieren Sie den Code hinein.
- Fügen Sie die folgenden Zeilen in
LocalSettings.php
ein.
define('NS_MOLECULE', 3300); define('NS_MOLECULE_TALK', 3301); $wgExtraNamespaces[NS_MOLECULE] = 'Molecule'; $wgExtraNamespaces[NS_MOLECULE_TALK] = 'Molecule_talk'; define('NS_REACTION', 3302); define('NS_REACTION_TALK', 3303); $wgExtraNamespaces[NS_REACTION] = 'Reaction'; $wgExtraNamespaces[NS_REACTION_TALK] = 'Reaction_talk'; wfLoadExtension('ChemExtension');
- Falls Sie Semantic MediaWiki installiert haben und nutzen wollen, fügen Sie auch noch die folgenden Zeilen ein:
$smwgNamespacesWithSemanticLinks[NS_MOLECULE] = true; $smwgNamespacesWithSemanticLinks[NS_REACTION] = true; $smwgNamespacesWithSemanticLinks[NS_TEMPLATE] = true;
Überprüfen der erfolgreichen Installation
Besuchen sie die Spezial:Version
oder Special:Version
Ihres Wikis und finden Sie die
Molecules-Extension in der Liste "weiteren Extensions" mit entsprechender Versionsnummer.
Screenshots
Editor-Ansicht
Ansicht des gerenderten Moleküls auf einer Wikiseite
Kompatibilität
- MediaWiki: mind. Version 1.35.x
- PHP: mind. v7.4.x
- VisualEditor: mind. v0.1.2
- Semantic MediaWiki: mind. v3.2.x
- Molfile v2000 und v3000
Weitere Links
- KETCHER2: https://lifescience.opensource.epam.com/ketcher/#ketcher-2-0
- SMILES: https://daylight.com/smiles/
- VisualEditor: https://www.mediawiki.org/wiki/Extension:VisualEditor
- Semantic MediaWiki: https://www.semantic-mediawiki.org/
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