Die Molecules-Extension ist eine Erweiterung für MediaWiki und erlaubt das Management chemischer Moleküle und Reaktionen. Falls Ihr Wiki Anwendungsbereiche aus den Life Sciences bedient, können Ihre Wiki-User diese wichtigen Objekttypen ganz ohne externe Werkzeuge anlegen, verändern und visualisieren. Damit können Sie beispielsweise Laborbücher im Wiki führen und stellen so Ihren Mitarbeitern eine Integrierte Umgebung zur Verfügung mit der Forschungsergebnisse dokumenteiert, archiviert, und geteilt werden können.

Was kann die Extension?

Mit der Molecules-Extension können Sie Ihre MediaWiki-Installation um die Möglichkeit erweitern, chemische Moleküle und Reaktionen innerhalb per Point-und-Click Interface einzugeben und sie in beliebigen Wikiseiten anzuzeigen.

Die Erweiterung benutzt den weitverbreiteten Molekül-Editor Ketcher 2.0 und bietet eine Reihe von Funktionen:

• Editieren von Molekülen und Reaktionen integriert in den VisualEditor vom MediaWiki
• Unterstützung verschiedener Formate, z.B. Molfile/Rxnfile und SMILES
• Auto-Layout und manuelles Layout wird unterstützt
• Unterstützung verschiedener Bindungstypen
• automatische Berechnung von Metadaten, z.B. International Chemical Identifier (InChI und InchiKey)
• Darstellung von Molekülen und Reaktionen eingebettet in Wiki-Seiten
• automatische Erzeugung von eigenständigen Wiki-Seiten für jedes Molekül

Download

Aktuell können Sie die Extensin nur von DIQA beziehen. Bitte kontaktieren Sie uns via Kontaktformular am Ende dieser Seite.

Installation

• Legen Sie im Extension-Verzeichnis ein Unterverzeichnis "Molecules" an und kopieren Sie den Code hinein.
• Fügen Sie die folgenden Zeilen in LocalSettings.php ein.

define('NS_MOLECULE', 3300);
define('NS_MOLECULE_TALK', 3301);
$wgExtraNamespaces[NS_MOLECULE] = 'Molecule';
$wgExtraNamespaces[NS_MOLECULE_TALK] = 'Molecule_talk';
define('NS_REACTION', 3302);
define('NS_REACTION_TALK', 3303);
$wgExtraNamespaces[NS_REACTION] = 'Reaction';
$wgExtraNamespaces[NS_REACTION_TALK] = 'Reaction_talk';
wfLoadExtension('ChemExtension');

• Falls Sie Semantic MediaWiki installiert haben und nutzen wollen, fügen Sie auch noch die folgenden Zeilen ein:

$smwgNamespacesWithSemanticLinks[NS_MOLECULE] = true;
$smwgNamespacesWithSemanticLinks[NS_REACTION] = true;
$smwgNamespacesWithSemanticLinks[NS_TEMPLATE] = true;

Überprüfen der erfolgreichen Installation

Besuchen sie die Spezial:Version oder Special:Version Ihres Wikis und finden Sie die Molecules-Extension in der Liste "weiteren Extensions" mit entsprechender Versionsnummer.

Screenshots

Editor-Ansicht

Ansicht des gerenderten Moleküls auf einer Wikiseite

Kompatibilität

• MediaWiki: mind. Version 1.35.x
• PHP: mind. v7.4.x
• VisualEditor: mind. v0.1.2
• Semantic MediaWiki: mind. v3.2.x
• Molfile v2000 und v3000

Weitere Links

• KETCHER2: https://lifescience.opensource.epam.com/ketcher/#ketcher-2-0
• SMILES: https://daylight.com/smiles/
• VisualEditor: https://www.mediawiki.org/wiki/Extension:VisualEditor
• Semantic MediaWiki: https://www.semantic-mediawiki.org/

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